可愛い家族の為に素敵な住まいを。。。

研究報告 : BRI - 独立行政法人 建築研究所 ...
建築研究報告. 住宅生産技術の発展と注文住宅生産様式の変貌. 従来木造軸組工法を中心として. 森本信明 松島みち子. 建築研究報告 No.130, 1991 建設省建築研究所 <概要> 本研究報告は近年在来木造住宅の分野 ...
http://www.kenken.go.jp/japanese/contents/publications/report/130.htm

全国住宅市場調査:住宅金融支援機構(旧住宅金融公庫)
注文住宅. Excel形式(94KB) 賃貸住宅. Excel形式(76KB) 新築マンション. Excel形式(114KB) 建売住宅. Excel形式(112KB) 中古住宅. Excel形式(179KB) リフォーム. Excel形式(145KB) ...
http://www.jhf.go.jp/research/other/house_marketing.html

注文住宅について現在、新築一戸建てを建設中です。
注文住宅ということで、細かいことまで自分達で納得いくよう調べつくしてます。
が、施工をお願いしている会社（工務店）で納得いかない所があります。
施工会社が提示してきたフローリングに気にいったものがなく自分でサンプルを取り寄せて気にいったものを入れたいと言ったところ、差額として８０万弱かかりますよ。
と言われた。
フローリング代と施工が難しいので施工代の別途追加だそうです。
あと、リビングに壁を作ってほしいと申し出たら、また別途施工費いただきます。
と言われ…本当はスイッチプレートをオシャレなものに変えたり、マイホームに拘りたいのに金額が恐ろしいことになりそうで言うに言えない状況になってきました。
商品自体の価格アップ代は納得できるのですが、なぜイチイチ施工代を上乗せしてくるんでしょうか？
プロなんだから、イレギュラーなこと（今まで取り扱ったことがない）でも対応しなさい。
と言いたい所です。
施工できない。
とキッパリ言われれば諦めもつきますが、これは施工が難しいので施工代がかかりますね。
と言われるとなんだか腹がたちます。
かと言って、夢のマイホーム、妥協だらけになるのも嫌です。
どうしたらよいでしょうか？
フローリングについては例えば標準が合板ものだったとします。
これを無垢のフローリングにかえるとすると、手間は約３倍になります。
工期も３倍になります。
２人で３日の作業が９日になったら６日分×２人分の日当が余計に掛かります。
１日22000円として２６万ほど余計に掛かると解釈すると、納得できるでしょうか?床材自体の差額が坪あたり１万から15000円として４０坪施工で５０万くらいになりますよね。
あわせて８０万の追加です。
標準の床材のメーカー型番と、取り寄せたメーカー型番、あと施工面積がわかればもっと詳しくお答えできると思いますが。
リビングの壁については情報が少ないのでお答えできません。
今の現状はどのあたりまで進んでいるのか、建築確認は下りているのか工事はどこまですすんでいるのか、どのような壁が必要なのかもう少し詳しく書いていただければお答えします。